1、污水處理微生物菌劑菌種結構單一

當前市場上的工業污水處理菌劑多樣，包括氨氮去除劑、COD降解劑、反硝化菌劑等，它們之中大多只含有1種或2種不同種類的微生物，這些微生物大多是一些常見的微生物種群，對某些特定環境中的易處理的污水能夠有較好的效果，而對于一些含有大量難以降解的污染物，比如芳香烴、抗生素等的污水以及極端環境下（比如高鹽污水）的處理效果不佳，對于含芳香烴、抗生素及高鹽等環境下降解污染物的微生物選擇是研究的主要方向。

2、低溫條件下微生物作用效率低

微生物發揮作用需要一定的溫度條件，對于北方一些低溫地區，溫度過低往往會影響微生物的繁殖效率、代謝活性，導致微生物對污染物的分解效率降低，導致污水處理成本增加。因此，篩選低溫條件下的具有相應降解功能的微生物也是目前研究的熱點。

綜上所述，微生物在污水處理中的應用前景廣闊，與傳統的污水處理工藝相比，微生物處理技術更科學、價格更低廉，能夠維持長遠發展。隨著對微生物研究的深化，大量作用效率更高、適應性更強的微生物菌株將被篩選和培育，在對特殊環境，比如對含鹽、芳香烴及抗生素等濃度高的污水的處理將會取得一定的進展。

此外，將微生物學與環境生物學、病理學等學科進行結合，可不斷提高污水的處理質量和效率，實現污水資源利用的大化，這是未來研究的方向。

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