從業主的角度來看，如何控制廢水零排放系統的運行成本，首先要選擇一家專門從事廢水零排放系統設計、制造、安裝、調試的機構，從最初的環評階段到簽約后的詳細設計、施工、交付都要幫助業主。

找到一家或幾家從事廢水零排放的專業環保公司后，就可以開始比較選擇設計方案了。廢水零排放的設計方案一般包括工藝流程、設備清單、裝機功率、運行費用、占地面積等。這時候業主可以比較選擇幾個方案。不同的廢水零排放處理設計方案，從一次性投資、運行費用、占地面積、自動化程度等維度都有很大的差異，不能只看一次性投資，否則設備檔次和質量會有很大差距。如果要比較的話，先把設備等級和運行成本框起來，再比較價格，或者先定個預算，在一定的價格范圍內比較不同的環保公司或者不同的方案，比較合適。只有這樣比較才有意義，業主才能得到自己真正想要的方案和符合自己預期的投資預算。

下一步，方案比選完成后，在選擇環保公司與其中一家簽訂污水零排放處理系統供貨合同時，需要考慮將運行費用寫入合同，對雙方具有約束力，避免后期因邊界模糊或約定不清而產生任何異議，避免業主因有能力投資污水零排放設備而被后期高昂的運行費用所苦惱。畢竟，對于零排放的廢水處理系統，運行成本，尤其是電力或蒸汽消耗，是一個非常重要的指標。

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